李傕、郭汜便率领西凉军从关东杀回长安，此时，董卓的女婿牛辅已经死在了与朱儁作战的前线，西凉军中以李傕、郭汜二人的地位最高。
西凉军上路以后，沿途的董卓旧部果然如李儒所说，皆愿听从李傕、李儒、郭汜的指挥，路经渑池、华阴等地，段煨，董越，樊稠等人纷纷率部加入，等到了长安城下，李傕、郭汜麾下的西凉军人数已经多达十余万人。
因为二人之间的矛盾，张济不肯出战，王允只能派吕布带领胡轸，王方出战，结果一番混战之下，吕布双拳难敌四手，凭借赤兔马，才负伤逃回长安，王方战死，胡轸直接投降。
十二月二十日，西凉军围攻十日之久，终于攻陷长安，吕布、张济，张绣叔侄等人纷纷逃走，而王允却拒绝和张济一起逃走。
王允也拒绝了李肃和钟繇代表马宁提出的帮助，他说自己身为宰相，不能保证国家平安无事，反而导致叛乱的频发，是他的失职，而且他也不忍心抛弃皇帝，独自逃命。
最后时刻，王允带着皇帝爬上城楼，献帝责问城下的李傕，郭汜，为何作乱？
李傕回答：“董太师对陛下忠心耿耿，却被奸人所害，我们只是想替太师讨回公道，不敢造反，只要捉拿到凶手，我们就归降！”
最后还是王允自己主动出城，被李傕他们生擒活捉，为了避免夜长梦多，在李儒的建议之下，斩杀当场。
不过王允在死之前，还是干了一点好事，他告诉了李肃一个秘密，也是王允生前做的一件大好事！
在董卓迁都长安之时，他就把洛阳的兰生，石室两个藏书馆的所藏图书和竹简全部收集整理，装箱运到长安，然后藏了起来。
所有典籍文章，还有他后来陆续搜集到的所有书籍，他都给偷偷的收藏了起来，就是想保留一点火种。
他将藏书的所在，以及书库的钥匙都给了李肃，让他交给马宁，里面甚至有皇室典籍、秘册、和全国人口土地的清算原稿，珍贵无比，这恐怕才是王允对这个国家这个民族做出的最大贡献。
李傕等人挟持了汉献帝，控制了长安朝廷，逼迫汉献帝封李傕为扬武将军，郭汜为扬烈将军，樊稠等人为中郎将。
此时的关东各路诸侯正忙着互相攻伐，根本就没有人关心长安朝廷和汉献帝的死活，所以李傕、郭汜在李儒的帮助下很顺利的就稳定了长安城的局势。
随着李傕等人平定了长安局势，逐渐掌握大权，朝廷又封李傕为骠骑将军，又予李傕以开府之权，领司隶校尉，假节，池阳侯，位列三公之上。
封郭汜为后将军，关阳侯，樊稠为右将军，万年侯。李儒为京兆尹，逃出长安，后来又重新与李傕，郭汜联盟的张济被改封为镇东将军，平阳侯，张绣为奋武将军，弘农郡太守。
因为之前张济背叛董卓一事，张济的军队被排挤出了长安，只能外屯弘农。
董卓的侄子董璜当日从长安逃出之后，一路潜藏逃回了陇西老家，重新打出了董卓的旗号，再次拉起了一支队伍。
董璜四处劫掠，并且很快就与苟延残喘的韩遂勾搭到了一起，在凉州又掀起了一场波澜，留守凉州的马腾立刻率军征讨，双方在陇西、金城两郡打的不可开交。